Fuente: http://www.tribulinux.com/como-separar-y-unir-archivos-pdf-en-ubuntu-con-pdftk.html

Lo primero es instalar paquete pdftk , sino lo tenemos ya:

sudo apt-get install pdftk 

¿Como creamos un pdf con varios pdf ?

Ejecutando la siguiente instruccion, podríamos adjuntar los ficheros pdf que queramos:

pdftk archivo1.pdf archivo2.pdf  ... output final.pdf 

¿ Como separamos todas paginas de un pdf ?

pdftk archivo_grande.pdf burst

Nos genera un fichero por cada pagina, el con el nombre "pg" añadiendo sufijo que el numero de la página, ademas de un fichero doc_data.txt, que contiene informacion del fichero.