Bueno como dice el titulo NO voy escribir (otro más) sobre como migrar (hay quien le llama actualizar) joomla 2.5 a 3, ya que hay internet mucho que lo han hecho y muy bien.
Lo único quiero aclarar es dos cosas:
1.- El php 5.6 es valido hasta un versión de 3.5.1 (creo recordar) a partir ahí tiene que cambiar de versión de PHP
2.- Cuando habla de limpiar cache no se refiere cual de los dos sitios que hay en Joomla, nosotros tuvimos que limpiar cache en las dos opciones posibles para actualiza a versiones superiores 3.5.1
Uno en sistema
Y el otro en "Gestor de extensiones" que hay purgar cache de extensiones.
Este ultimo me trajo por el camino de la amargura en varias migraciones que no funcionaba correctamente.